環境DNA (Environmental DNA/eDNA)是指從土壤、海水、雪或空氣等各種環境樣本中採集的DNA ，而不是直接從個別生物體中採集的DNA。

        eDNA的樣本來源包括但不限於皮屑、排泄物、體液、孢子或死亡細胞等。通過次世代基因定序技術，這些eDNA可以被提取並分析，即使沒有直接看到牠們，也能用來偵測該環境中有哪些生物存在。分析這些eDNA可用來研究生物多樣性、監測入侵種或瀕危物種、評估生態系統健康狀況等。

        由於eDNA可萃取的濃度不高且容易降解，萃取方法必須高效率且避免污染。

1. 樣本採集與保存

2.  水：過濾法最常見，將水通過濾膜 (0.2–0.45 µm)收集懸浮顆粒和細胞。

3. 土壤/沉積物樣本：直接取樣並冷凍或使用保存劑 (如乙醇)保存。

2. 細胞裂解 (細胞破碎)

         常使用物理 (如震盪)、化學 (如SDS)或酵素 (如Proteinase K)方式破壞細胞，釋放DNA。

3. DNA純化

         去除蛋白質、多醣及PCR抑制物，常見方法如下：

• 矽膠柱法 (silica column-based kits)

• 磁珠法 (magnetic beads)

• 有機抽取法 (phenol-chloroform)

• DNA濃縮與保存

          有時需利用酒精或異丙醇沉澱進一步濃縮DNA，最後將DNA於低溫保存。

常用的eDNA萃取商用試劑組：

• Qiagen DNeasy PowerWater Kit (水)

• Qiagen DNeasy PowerSoil Pro Kits (土/沉積物等)

• Qiagen QIAamp PowerFecal Pro DNA Kits (排泄物)

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