一般定序的樣本分為菌液、菌盤、質體 (plasmid)以及PCR產物。
菌液的部分,只需要送50~1000ul 已養好的菌液,並註明所使用的抗生素。實驗室會再擴大培養,抽取質體DNA。
菌盤的部分,要確認菌盤上有菌落生成,送件時最好一個菌落一盤,如果多菌落放置在一盤內,會有汙染的風險。須註明所使用的抗生素。實驗室會再擴大培養,抽取質體DNA。
質體的部分,DNA濃度需要至少40ng/ul,總量須至少500ng,若質體大小超過5Kbps,需要的DNA量也隨之增加。
DNA純度要求,吸光值 (OD)260/280 的比值最好是介於1.7~1.9,以及260/230的比值介於2~2.5,確保沒有鹽類、蛋白質以及RNA的汙染。
DNA建議溶於純水中,不能溶於含高濃度EDTA的buffer,以免干擾定序反應。如果待測序的DNA定序樣品已知有特殊結構 (如 GC-rich 或是 Homopolymeric regions ),可以事先標註,我們能以特殊方法進行處理。
PCR 產物拿來做定序一定要是單一產物 (single band),不可以是多重產物 (multiple bands)。PCR 產物必須經過純化步驟 (clean up),去除primer和dNTP才可進行後續定序反應。送件時須註明是否經過純化步驟。利用膠體純化 (gel extraction) PCR產物時,避免照射短波UV造成DNA斷裂的風險。PCR產物DNA濃度至少需要50ng/ul,DNA總量至少需要200ng~500ng,可以對照marker亮度做換算哦!
以上就是定序送件前的幾個要點。
只要送件前的QC有做好,拿到數據沒煩惱!
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