單股DNA普遍被發現於單股DNA病毒、古生物樣本DNA、cfDNA、環境DNA、FFPE樣本，ssDNA 的過量或持續存在，代表 DNA 損傷、複製壓力或病毒感染。 

       一般NGS通常為針對雙股DNA (dsDNA)接上adapter後進行文庫建構，目前有開發針對單股DNA (ssDNA) 的NGS試劑組，能夠直接在單股DNA末端接上adapter後建構文庫，減少雙股DNA合成過程中的錯誤偏好 (bias)，保留單股分子特有的信息，適合用於處理微量或高度降解的樣本，可以應用於研究單股DNA病毒、古生物樣本DNA、cfDNA、環境DNA、FFPE樣本、與蛋白質相互作用的單股DNA或是CRISPR/Cas9基因編輯檢測等。

        目前市面上常使用的ssDNA NGS文庫建構試劑組主要有二種： 

 ssDNA-Seq Kit (Takara) (右圖)：

✔️ 樣本中可同時含有單股及雙股DNA

✔️ 樣本DNA可偵測片段範圍50~600 bp

✔️ 樣本DNA起始量為10 pg~250 ng

✔️ 原理為利用Single-Strand DNA Ligase (SDL)直接將adapter接在單股DNA的3’端，接著加入引子進行extension合成互補股，最後再以傳統方式接上5’端的adapter，藉由此方式可生成具有方向性的文庫。

✔️ SDL的接合效率較低，最大的缺點為無法區別樣本DNA及adapter，故容易產生adapter dimer，導致大量定序數據的浪費。 

   ​ xGen™ ssDNA & Low-Input DNA Library Prep Kit (IDT) (左圖)：

✔️ 樣本中可同時含有單股及雙股DNA

✔️ 可偵測樣本最小DNA片段為40 bp

✔️ 樣本DNA起始量為10 pg~250 ng

✔️ 原理為利用Adaptase在單股DNA片段的3’端同時進行末端修飾 (Tailing)及adapter接合 (Ligation)反應，接著依序進行extension合成互補股及接上5’端的adapter，建構成具有方向性的文庫。

✔️ 為高度優化後的技術，其特色如下：

 (1) 在單一試管內連續完成反應，不需中間純化，大幅降低樣本損失。

 (2) 經由特殊的引子設計及Adaptase的酶活性，有效地抑制adapter dimer生成，以及具有較佳的接合 (Ligation)效率。

 (3) 缺點為價格較昂貴。 

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