第三代定序系統（Third-generation sequencing systems）的特徵是單分子實時（Single Molecule Real-Time，SMRT）定序技術，是一種高通量DNA/RNA序列定序技術，這些技術被稱為第三代，是相對於傳統的Sanger定序（第一代）和NGS次世代定序（第二代）而言。 

以下是兩種常見的第三代定序系統：

Oxford Nanopore Technologies (ONT)：

ONT研發了一種基於納米孔（nanopore）技術的定序系統。該技術使用微小的納米孔作為DNA分子通過的通道，DNA分子通過納米孔時，會產生特定的電流變化，這些電流變化被檢測和記錄下來，進而被轉化為DNA序列信息。這種技術可以直接從原始DNA樣本中進行定序，並且能夠產生長讀長序列。

Pacific Biosciences (PacBio)：

PacBio開發了一種稱為零模波導孔（zero-mode waveguide，ZMW）定序技術，這種技術通過偵測聚合酶在DNA模板上的鏈續合過程來進行定序。PacBio系統也是具有長讀長。

第三代定序系統因解序片段較長，在基因體研究、生物醫學和生物技術等領域具有更廣泛的應用。且第三代相對於傳統一、二代定序，在改善速度、降低成本和提高數據質量方面取得了顯著的進展，為研究人員提供了更多的選擇，以適應不同的研究需求。

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