如同前一則貼文中提到,Ribo-Seq (核醣體測序) 是指對與核糖體結合的RNA片段進行測序,與RNA-Seq將樣本中所有mRNA進行測序不同,Ribo-Seq僅針對在轉譯過程中受核醣體保護的mRNA序列進行分析,是研究轉錄組與蛋白質組之間的橋樑。
雖然核醣體測序可以了解轉錄組與蛋白質組間的相互關係,但傳統Ribo-Seq實驗流程複雜耗時,對樣本的需求量大,成本高和生資分析的限制 (不能區分active和inactive兩種ribosome,可能讓轉譯效率分析帶來偏差),因為以上原因,實際投入Ribo-Seq研究的實驗室不多。
這次要分享由IMMAGINA BioTechnology研發的RiboLace技術,藉由簡單的親和性純化和磁珠分離出轉譯核醣體,進而收集Ribosome Protected Fragments進行Illimina測序。不像傳統Ribo-Seq,收集RNA片段時不需切膠純化,將實驗步驟由10天簡化至2~3天,不需使用毒化物及有機溶劑。IMMAGINA BioTechnology還開發新的生資分析軟體Martian,其具有互動圖形界面,經由transcript和codon的分析數據,全面整合核醣體測序結果。
RiboLace 適用於真核細胞與組織,跟其他Ribo-Seq kit相比,只需要更少的樣本(>0.3M cells)。此技術已在不同的細胞 (e.g., immortalized and primary cell lines) 及組織上 (e.g., mouse brain and liver tissues) 得到驗證。
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