
★poly A、poly T、poly C、poly G。
poly A及poly T base>10 在 PCR產物做DNA定序無法讀過。
poly A及poly T base<25 可以接在plasmid就可以讀過。
以上狀況對後端定序結果的影響,還須取決於DNA的純度(雜質殘留)。
★GA、GT、GC、AT、CT等repeat sequence,
GC rich、 GT rich 的序列要另做特殊處理與一般反應條件不同,請於訂單上註明。
1. 除以菌體送件外,其它樣本請隨件附上DNA電泳圖片,並標示圖片中樣品之用量 (µl)。
2. Primer (T7、T3、SP6、M13F、M13R etc.),自行設計的請標明名稱、濃度 (10 pmole/µl),每個反應至少提供5 µl。
3. Plasmid DNA或PCR product 溶於ddH2O中,勿溶於TE Buffer中,以免產生干擾。
4. Plasmid DNA送件,體積需>10 µl,濃度>40 ng/µl。
5. 自行純化的PCR product ,純化後體積需>10 µl,濃度>20 ng/µl。
6. 定序完成後,剩餘之DNA保存以一個月為限,逾期銷毀。
備註 : 若樣品含有GC rich、GT rich等序列,需要另做特殊處理,請協助於訂單上註明。我們使用ABI原廠專屬試劑,用以解決樣品的複雜結構問題。
殘留Alcohol、Salt、EDTA、Detergent、Organic chemicals會干擾Big Dye反應。
若是使用傳統方法抽取plasmid或未經RNAsae處理的plasmid,請於訂單上註明。
DNA只能溶於純水中,不能溶於含EDTA的buffer (如TE buffer)。
1. PCR product一定要是single band,不可以smear。
2. PCR product定序前須經過純化步驟,去除primer和dNTP。
3. 只能加一個primer。
4. 利用gel elute PCR product時,避免用短波UV照射。
依DNA的長度大小而定, 建議一次定序反應所需要的量如下:
★PCR product: |
100-200 bp 200-500 bp 500-1000 bp 1000-2000 bp >2000 bp |
1 to 3 ng 3 to 10 ng 5 to 20 ng 10 to 40 ng 40 to 100 ng |
進行定序反應前,以跑電泳的方式做確認。
★Plasmid: | <15 kb | 300~400 ng |
★Phage: | 依抽取方式與長度大小而定 | 約500~1000 ng |
進行定序反應前,以測定吸光值的方式做確認。
每個定序反應需要 1 µl 濃度為 3.2 µM 的引子,可以依您定序的反應數量來估算。另外,若考量到會有重做的可能性,建議您再多估一些。
請您協助將引子標示濃度及體積,例如: 10 µM (10 µl),實驗室即會幫您稀釋至 3.2 µM 執行定序。
1. 18 bp < Primer < 25 bp。
2. Tm值減 5℃約等於引子之 annealing溫度,定序時annealing溫度為50℃,因此設計時建議Tm值介於50-58℃。
3. G-C content介於30-80%。
4. 避免引子之間自黏或引子本身形成二級構造。
5. 避免重複相同的nucleotide,特別是G應避免連續4個以上。
Conc. (pmol/μL or μM) = (A260 x100) / (1.54x nA+0.75x nC+1.17x nG+0.92x nT)。
可以上網去下載一些免費的看圖軟體,例如 Chromas,SnapGene Viewer,FinchTV。
Chromas | Technelysium Pty Ltd
SnapGene Viewer | snapgene-viewer
FinchTV | Digital World Biology
★Machine:Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
★Reagent:BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA)
★PCR System,
1. 98℃ for 5 mins,1 cycle。
2. 96℃ for 10 seconds,
3. 50℃ for 5 seconds,
4. 60℃ for 4 mins,
Repeat the steps (2. To 4.) for 26~30 cycles。
5. 4℃ for ∞,1 cycle。
有螢光的 PCR product可當作定序反應的模板,但帶有螢光的 primer不能作為定序用。
一般使用的培養條件為:2× LB Broth (3~6 ml) 37 °C,6-12 hrs。
另外,常用的Antibiotics包括Ampicillin、Kanamycin、Chloramphenicol、Tetracycline、Spectinomycine以及Zeocin等,如果您的菌並不適用以上的條件,請特別註明。
若您的菌使用的是比較特殊的Antibiotics(非上述所列),請隨樣品一起提供給我們,方能代為培養。
★若PCR product非Single band可自行切下欲定序的Band即可送件,但請盡量切除其他不含DNA的膠體,而膠體若是2% agarose以上須另做特殊處理與一般條件不同,請務必於訂單上註明。
★若希望由本實驗室幫您處理切膠步驟,請附電泳圖,但切膠純化的回收率較低,請送加倍的PCR product。
請留意 : 因切膠回收純化後必有agarose殘留,會影響定序反應,所以定序結果會比一般純化方式差,也就是會有可判讀長度較短的情形。
★本實驗室目前提供常用的定序引子列表(詳見一般定序服務的Primer list),如無法確認與選擇,請在訂單上詳填所使用vector的全名及廠牌,並註明欲定序Forward端或(和) Reverse端,由本實驗室幫您確認並選擇。
★若有未列於表中之 Universal Primer ,請來電至本實驗室洽詢。
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