進行OD值測定時，分光光度計上顯示的數值為每毫升溶液中的OD值。當測定200 ml溶液中的OD值為1.5時，溶液整體的OD量應該為多少？ 此時的OD值 = 1.5 OD/ml × 0.2 ml = 0.3 OD

溶液中的Oligo DNA常溫下數天（3~4天）應該沒問題，但最好不要放置一個星期以上。其壽命受溶液中的菌體、核酸酶(nuclease)等的影響。

無論是PAGE純化，還是HPLC純化，增大每次的純化量會大大降低製品的純度。所以，為了保證製品質量，我們一般把每次的純化量控制在2 OD左右。

大OD量的提供對提高純度是不現實，不科學的做法。

一般，2 OD的20 mer的DNA製品 (約10 nmol)，可以進行400-500 次的PCR反應 (Total 50 µl , primer conc. = 10 µM)，以及3000次的定序反應(primer conc. = 3.2 µM)。

因此，2 OD 的DNA量可以足夠進行一般的實驗工作。

進行過Oligo DNA PAGE電泳的人員都知道，同一OD量的不同序列的DNA製品電泳時的泳帶(Band)亮度(或稱作清晰度)是不一樣的。

原因在於EtBr等染色劑的染色是滲透至DNA的雙鏈之間的，而合成的Oligo DNA是單鏈，Oligo DNA自身形成的立體結構越複雜，EtBr的染色就越容易，DNA帶也就越亮。

相反，有一些Oligo DNA由於不形成立體結構，根本就不為EtBr所染色。

因此，我們認為有些公司對所有產品都提供差不多同一亮度的製品的電泳照片是非常不現實的做法。

Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA，容易形成複雜的立體結構，因此進行Agarose電泳時，容易出現多條泳帶(更無法用Agarose電泳進行定量了)。

我們分析後認為主要有以下原因：

1. A、G、C、T的組份不同，電泳速度不同；

2. DNA的立體結構不同，電泳速度不同。

這種情況在Oligo DNA越短時越容易發生，長鏈Oligo DNA之間差別較小。

大部分廠家的說明是：

1. PCR過程的錯配。

2. 克隆過程的突變。

我們不能否認這種可能性，但這種可能性實在太小，幾乎不可能。 對這種情況，我們經過了認真的分析，總結出了以下一些原因，供參考：

1. 合成機管路的瞬時阻堵，造成化學反應的瞬間中斷，其結果可能會發生單個(或一部分)鹼基的缺失。

2. 控制程式失靈，控制錯誤合成。

3. 合成過程中，鹼基附加至DNA片段之前，鹼基和鹼基之間發生了偶聯，然後再附加到了DNA片段上，造成多鹼基現象。

4. 合成時鹼基G可能會轉化成烯醇異構體，此時進行PCR反應時G會轉變成A。

5. 合成過程中的脫嘌呤作用，對脫嘌呤後的鹼基DNA聚合不能識別，此時可能觀察到A或G的缺失。嘌呤含量越高，就越容易發生這種情況。

6. 不完全的脫保護結果。通常C脫得快，G脫得慢。不完全脫保護會發生鹼基缺失。

7. 合成過程中的Capping（蓋帽）反應不完全，使短片段DNA繼續參與合成，造成鹼基缺失。

應該說，上述這些情況發生的可能性都極低。然而，合成的DNA鏈越長，發生這種情況的機率也就越大。

★請確認 :

1. 因為引子純度不可能是100%，因此，挑選克隆時，有可能挑選了雜質引子擴增出的PCR產物的克隆。此時，請重新挑選一個克隆定序，也許結果會變好。

2. 如果挑選2 ~ 3個克隆定序情況還沒改觀，我們會免費重新合成引子。

3. PCR反應用的試劑是否能正常工作？

4. PCR儀器是否工作正常？

5. PCR反應條件是否合適？

★進行蛋白表達實驗數個月不成功，後續經定序發現引子處有錯誤， 怎麼辦？

1. 做蛋白表達實驗之前一定要對DNA序列進行驗證，這是執行實驗的常識。

2. 我們可以免費重新合成引子。

3. 如進行索賠時，按國際行業慣例，索賠範圍限於製品價格範圍之內。

可提供合成引子的長度為6-75 個鹼基。當合成的引子序列較長時，由於合成及純化方法的限制，很難保證製品中每個序列都正確無誤。

由於一般的PCR用引子的5'末端都沒有P，因此，擴增後的PCR產物的5'末端也沒有P。當克隆於去磷酸化的末端平滑載體時，無法克隆進去；而當克隆於非去磷酸化的末端平滑載體時，背景會極高。此時請對PCR產物的5'端進行磷酸 (P) 化處理。

PCR反應失敗的原因很多，可以從以下幾個方面考慮 :

1. 引子和模板是否配對，同源性有多大？

2. 引子本身是否有立體結構，或者二條引子之間是否形成高次結構？

3. PCR反應用的試劑是否能正常工作？

4. PCR儀器是否正常工作？

5. PCR反應條件是否合適？

如果一切正常，還無法解決問題時，我們可以免費重新合成引子。

如果重新合成的引子也無法解決問題時，請把引子和模板寄送給我們公司，我們可以幫助摸索PCR反應條件。

目前我們沒有提供這項服務，只有一般的引子合成。