土壤、水體、動物體腸道等樣本，皆可以執行 16S metagenome 及 ITS metagenome 。

由於真菌並沒有 16S的基因序列，如要執行真菌的 metagenome實驗，會使用真菌中具有高度序列保守性區域 ITS基因進行。

16S/ ITS metagenome僅關注 16S rRNA基因或是 ITS1區域，僅提供對微生物群落組成的訊息。相比之下，Whole genome metagenome則涵蓋整個微生物基因組，提供更全面的訊息，包括基因功能性和代謝途徑等訊息。

Whole genome metagenome是針對整個微生物基因組，並非針對單一基因進行分析，因此可以同時偵測到樣本中具有的細菌、真菌、古細菌等微生物。

Whole genome metagenome分析整個微生物基因組，提供更全面的訊息；而16S metagenome只關注16S rRNA基因，提供對微生物組成的初步了解。

Whole genome metagenome是針對環境中的微生物群體進行分析，不會進行單一菌落培養；而 Whole genome sequence的目的是針對單一菌株進行分析，需要分離培養後才能進行。