可以的，ezRAD-seq 對於可能無法獲得參考基因組的非模式物種特別有用。其簡化且集中的解序策略使研究人員能夠研究各種物種的基因組多樣性，而無需完整的基因組序列。

與任何實驗方法一樣，ezRAD-seq 也有限制。除了技術上對 DNA 品質的需求性較高，另 ezRAD-seq 提供了基因組的簡化呈現，因此研究人員應該審慎選擇限制性內切酶來偵測所需的基因組區域，並且可能需要針對特定物種進行最佳化。故需要時常參考最新的文獻，以獲取有關 ezRAD-seq 及其應用的最新資訊。

1. 轉錄因子結合位點的鑑定：分析轉錄因子與 DNA 相互作用的位置。
2. 組蛋白修飾分析：分析特定組蛋白修飾的分佈。
3. 表觀遺傳學研究：研究染色質狀態和修飾。
4. DNA 結合蛋白的鑑定：研究各種蛋白質的全基因組結合模式。

• 抗體特異性：確保用於免疫沉澱的抗體對目標蛋白具有特異性。
• Cross-link效率：須找出最佳化的 Cross-link 條件以維持體內交互作用。
• 蒐集免疫沉澱的 DNA非常微量。

ChIP-seq 可應用於臨床研究，以研究與疾病相關的染色質結構、轉錄因子結合和表觀遺傳修飾的變化。

DNA 甲基化是一種表觀遺傳修飾，在基因調控、發育和疾病中發揮至關重要的作用。RRBS-seq 可提供單核苷酸分辨率的資訊來研究 DNA 甲基化模式。

RRBS-seq 藉由限制酶獲取富含 CpG 的基因組區域，縮減需定序的範圍以降低成本，進而分析重要的調控區域。與全基因組亞硫酸氫鹽定序相比，這使其更具成本效益。

1. 覆蓋偏差：RRBS-seq 可能無法均勻地覆蓋所有基因組區域。
2. 有限的基因組覆蓋範圍：它專注於富含 CpG 的區域，可能缺少這些區域以外的重要調控元件。