Small RNA 是指長度較短的一類 RNA 分子，通常大約在 20 到 200 核苷酸長度範圍內，包括多種類型，如 microRNA (miRNA) 、small interfering RNA (siRNA)、piwi-interacting RNA (piRNA)、small nucleolar RNA (snoRNA) 和其他類型的短 RNA 分子，而 miRNA是一種特定類型的 small RNA，長度約在 20 至 25 核苷酸左右。目前 small RNA-seq中能偵測到許多小片段的 RNA，但後端主要是分析 miRNA，故一般 small RNA-seq與 miRNA seq是相同的。
Small RNA-seq 涉及 small RNA 分子的分離和定序。常見步驟包括文庫製備、片段大小篩選以及使用 Illumina 等平台的高通量定序。然後使用生物資訊工具分析定序數據並識別 miRNA種類，進而尋找與差異表達 miRNA相關聯的靶基因，並通過功能富集分析來評估其生物學意義。
若能使用以分離出的 small RNA進行 small RNA-seq是最佳的狀態，但由於分離 small RNA不是一般且容易執行的實驗，故目前大多是直接以 total RNA進行 small RNA-seq，實驗上僅能於文庫建構時依據 insert size來篩選出可能的 small RNA，故對於 RNA樣本的品質要求較高 (RIN值需要在7以上)，不能有降解的狀況，否則其降解所產生片段小的 RNA會造成汙染，降低能被測序到的 miRNA。
