早期單細胞測序 scRNA-seq對於細胞的活性、完整性都有高度要求 (細胞存活率80%以上)，對於細胞的分選或是從組織中分離細胞這些前端樣本製備的實驗都是一大考驗。另外，處理大量單細胞數據可能需要解決維度災難、噪音、低表達基因等問題，以及確定聚類結果的生物學解釋。

傳統的RNA-seq稱為Bulk RNA-seq，以大量細胞為單位進行RNA測序和分析，因此獲得的是整體細胞群的平均基因表達情況，用於探索整體組織或細胞群的基因表達變化，比較不同條件下的表達差異，發現潛在生物學變化。 
scRNA-seq是針對單顆細胞去做建庫， 以單個細胞為單位，可以獲得單個細胞的基因表達訊息，能夠解析細胞間的異質性，可以區分不同細胞類型、亞型和狀態。
總體而言，Bulk RNA-seq 更適用於對大量細胞進行快速分析，而Single cell RNA-seq 則更適用於揭示細胞間的異質性和解析單個細胞水平的基因表達差異。選擇合適的方法取決於研究問題和需要解決的生物學問題。