細胞核分離實驗是一種用來從細胞中分離出細胞核的技術，原理和方式主要基於細胞的特定性質和結構。

細胞的主組成為細胞膜、細胞質與細胞核。實驗的方式是利用破壞細胞膜的緩衝液使細胞內的所有物質釋出，然後使用離心機，將細胞質和細胞核分離。由於細胞核密度較高，通常會沉澱到離心管的底部，而較輕的細胞質則在上層。
將上層懸浮液移除，留下含有細胞核的底層後，最後將底層的小分子碎片洗掉即可得到純淨的細胞核。

另外也有廠商針對不同物種的細胞設計的細胞核分離KIT，透過特定孔徑的濾膜(FILTER)使細胞核通過，其他物質被濾掉實現快速有效的分離。
最後，獲得的細胞核樣本可以進一步進行分析，例如DNA、RNA或蛋白質的提取和研究，有助於深入了解細胞活動機制，對醫學研究和生物技術產生幫助。