【NGS介紹系列-Nanopore Kit14 chemistry 優點】

發佈於 2024-4-12

Oxford Nanopore近期新發表的Kit 14和R10.4.1奈米孔晶片,在讀長、準確性和軟體方面的改進使得定序分析更快速更有效率,更高精準度的組裝。此外,雙股核酸解序數據 (duplex data) 與 DNA 甲基化資訊結合,將有助於基因組的整理應用。

-Nanopore Kit14 chemistry新增優點-

  1. 提升定序精準度:基於先前試劑組的化學升級,單股核酸解序 (simplex data) 已可  達 Q20 的精準度。
  2. Duplex data:相較先前推出的試劑組,大多只能捕獲單股核酸並解序;透過升級 Kit14 的 Motor protein (E8.2) 和晶片上的奈米孔,可以增加捕獲核酸雙股的比例,以達雙股核酸解序資料彼此校正之目的,搭配SUP basecalling 運算模式,可讓定序品質提高到Q30的精準度。

-Nanopore 解序優點-

  1. 即時定序:奈米孔定序可以在 DNA 或 RNA 分子通過奈米孔時進行即時分析,從而達到數據快速生成和分析。
  2. 讀值長:奈米孔定序可以產生長解序資料,有利於解析複雜的基因組區域、檢測結構變異、組裝具有重複序列的基因組。
  3. 直接檢測:奈米孔定序直接檢測通過奈米孔的核苷酸序列,無需 PCR 擴增或其他可能引入偏差或錯誤的樣品製備步驟。
  4. 樣本需求低:與其他一些定序方法相比,奈米孔定序通常只需要較少量的 DNA,使其適合樣本量有限的應用。
  5. 多種核酸類型定序:奈米孔定序可應用於 DNA、RNA、cDNA、甲基化 DNA分子定序,為全基因組定序、轉錄組分析和表觀遺傳學等研究提供廣泛應用。

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